秦焚书坑儒之后，除易经外，方士儒书基本绝迹，靠儒生的记忆背诵才流传下来。汉朝时，五经通过年迈的儒者得到复原，以汉隶书写，称今文经学。但后来在孔子故居发现隐藏了一部分儒经，以孔子时代的蝌蚪文记载，刘歆做了很大整理，称古文经学。两者在流传文本和经典解读方法上均有差异，但其后经学家郑玄基本统一了今古文，今古之争渐息，儒经在文本上的争议被平息。

（至宋朝，朱熹对《大学》文本作了修正，但被其后明朝的王阳明所反对，并推崇古本《大学》，于是又开始流传古本。明太祖朱元璋曾欲对《孟子》进行删节，但因遭到臣属以死要挟的强烈反对而放弃。直至清末，时局动荡，人心思变，疑古之风日盛，今古文之争又起。康有为认为东汉以来经学，多出刘歆伪造，是新莽一朝之学，非孔子之经。但又被其后的学者所驳斥。今天所看到的儒经，大多源自汉儒的流传，而解读上，则承袭了宋明儒的思想。）

谶纬思想形成于西汉的哀帝、平帝时期，到东汉则基本完备，被称为内学被学者称之为儒教。纬书是相对于经书而言的，儒家的“六经”，加上《孝经》都有纬书，总称“七纬”，以神秘主义解释七经《诗》《书》《礼》《乐》《易》《春秋》《孝经》。经籍和纬书互配，经在轴，纬在杼。当时儒道两家学派有个明显的共同趋势就是道家往下层社会发展成民间道教；而儒家则在上层社会发展成了庙堂儒教。

纬书内的天文占卜和未来预言叫做“谶记”，七纬之外有《论语谶》，对孔子进行神化，附会圣人神道设教。“易曰：‘河出图，洛出书。’然则圣人之受命也，必因积德累业，丰功厚利，诚著天地，泽被生人，万物之所归往，神明之所福飨，则有天命之应。盖龟龙衔负，出於河、洛，以纪易代之徵，其理幽昧，究极神道。先王恐其惑人，秘而不传。

说者又云，孔子既叙六经，以明天人之道，知后世不能稽同其意，故别立纬及谶，以遗来世。”[12]谶纬思想认为“《易》有阴阳，《诗》有五际，《春秋》有灾异，皆列终始，推得失，考天心，以言王道之安危……窃学《齐诗》，闻五际之要，《十月之交》篇，知日蚀、地震之效昭然可明，犹巢居知风，穴处知雨，亦不足多，适所习耳。”

郑玄、马融、董仲舒、谯周是谶纬思想的集大成者。董仲舒结合公羊家和五行思想，发展出“天人感应”理论，并提出“春秋大一统”和“罢黜百家，表章六经”。董仲舒强调“天”的至高无上的地位，如果君王施政不仁，天就会有所表示，称之为“天人感应”，这意味着君权之上还有一个神权，有浓厚的宗教色彩，对君王有一定的制衡作用。汉武帝采纳了他的主张“罢黜百家，独尊儒术”，从此儒学成为官方正统思想，研究四书五经的经学也成为了显学，设五经博士。

建初四年（79年），汉章帝主持召开了一次全国经学讨论会，即白虎观会议，会议纪录由班固整理成《白虎通德论》，以法令形式将谶纬之学定形，和正统经书具有同等地位。晋朝泰始三年，禁星气谶纬之学。纬书原本因隋炀帝禁止而散佚。《隋书·经籍志一》：“炀帝即位，乃发使四出，搜天下书籍与谶纬相涉者，皆焚之，为吏所纠者至死。”

流传下来的纬书有：易纬《乾凿度》、书纬《考灵曜》、诗纬《含神雾》、礼纬《稽命征》、乐纬《动声仪》、春秋《元命包》、孝经《援神契》、尚书《中候握河纪》、论语《谶比考》。后为和崇尚黄老列庄等道家思想的道教区分，从南北朝开始叫做儒教又被称作圣教。“儒教是中华民族土生土长的宗教”，儒教是礼乐文明的代表，上古宗教的直接继承者。

“儒教是中华民族特有的传统宗教，凡是生活在中国这块古老土地上的各民族，包括汉族以外的少数民族，如北方的辽、金、元，西夏及清，历代王朝都以儒教为国教，孔子为教主(这是孔子生前没有料到的，正如老子被道教奉为教主没有被老子料到一样)。……儒教利用政教结合的优势得以成为国教，儒教的神权与皇权融为一体，不可分割。”

在汉代今古经学、公羊学派、谶纬三者是不分家的。公羊家和谷梁家都主张尊王说、内鲁说，即讲大一统，讲君臣父子，讲华夷之辨。“景、武之世，董仲舒治公羊春秋，始推阴阳，为儒者宗。宣、元之后，刘向治谷梁春秋，数其祸福，传以洪范，与仲舒错。至向子歆治左氏传。”公羊家以西汉董仲舒、眭弘和东汉何休为代表。《公羊传》的思想直承《春秋》，侧重于从《春秋》尊王攘夷思想延伸而成的“大一统”、“拨乱反正”观点。

西汉初年，以尊王为主体的春秋公羊思想，成为朝野的依据。而公羊学派在公羊学被立为学官之后，更是大大的扩张了势力。董仲舒著《春秋繁露》，好言“天人感应”与“阴阳灾异”，由是“谶纬”之学大兴。汉宣帝时期，谷梁传成为春秋的权威解释，公羊学随之没落，曹魏时期大儒世家司马氏登基后更是动摇了谶纬信仰。