秦始皇的一生丰功伟绩不断，每一件都是轰轰烈烈的大事，可是在晚年却发生了一件事，让人们对他增加了许多坏印象。嬴政晚年迷信丹药，加上儒士反对郡县制，爆发了焚书坑儒事件。

始皇帝三十二年（前215年），秦始皇又使燕人卢生求羡门、高誓等仙人踪迹，后来又使韩佟、侯公、石生求仙人不死之药。对于秦始皇这种行为，也有儒生表示劝谏的，博士齐人淳于越建议始皇仍实行分封宗室子弟为诸侯的政策，始皇交给臣下讨论。

丞相李斯反对。李斯的奏议促成了秦始皇帝下令焚书禁书，规定史书非秦纪皆烧之；非博士官所职，天下敢有藏《诗》、《书》、百家《论》者，悉诣守、尉杂烧之；有敢偶语《诗》、《书》者，弃市；以古非今者，族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。准保存者，医药卜筮种树之书。若愿学法令，则以吏为师。

始皇心里已感到受骗，于是命令御史案问诸生，互相揭发牵连四百六十余人，始皇下令把他们都在咸阳活埋。有人认为《史记》记载秦始皇坑杀的乃是术士，并不是儒生，但根据《史记·秦始皇本纪》记载秦始皇坑杀的人“皆诵法孔子”。

焚书坑儒，又称“焚诗书，坑术士（一说术士，即儒生）”，西汉之后称“焚书坑儒”。秦始皇在公元前213年和公元前212年焚毁书籍、坑杀“犯禁者四百六十余人”。

“焚书坑儒”一词出处《史记·卷121·儒林列传》的说法是“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉”。经常被“坑儒”观点引做证据的是《史记·秦始皇本纪》中秦始皇长子扶苏的话(“天下初定，远方黔首未集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”)，西汉末孔安国(孔子10世孙)《〈尚书〉序》亦言：“及秦始皇灭先代典籍，焚书坑儒，天下学士逃难解散。”西汉刘向《〈战国策〉序》：“任刑罚以为治，信小术以为道。遂燔烧诗书，坑杀儒士”。同时秦始皇焚书并未焚烧医学、农牧等技术实用书籍。

《史记·秦始皇本纪》：臣请史官非秦记皆烧之。非博士官所职，天下敢有藏诗、书、百家语者，悉诣守、尉杂烧之。有敢偶语诗书者弃市。以古非今者族。吏见知不举者与同罪。令下三十日不烧，黥为城旦。所不去者，医药卜筮种树之书。若欲有学法令，以吏为师。

在秦始皇三十四年(公元前213年)，博士齐人淳于越反对当时实行的“郡县制”，要求根据古制，分封子弟。丞相李斯加以驳斥，并主张禁止百姓以古非今，以私学诽谤朝政。秦始皇采纳李斯的建议，下令焚烧《秦记》以外的列国史记，对不属于博士馆的私藏《诗》、《书》等也限期交出烧毁；有敢谈论《诗》、《书》的处死，以古非今的灭族；禁止私学，想学法令的人要以官吏为师，此即为“焚书”。

在秦始皇三十五年(公元前212年)，方士卢生、侯生等替秦始皇求仙失败后，私下谈论秦始皇的为人、执政以及求仙等各个方面，之后携带求仙用的巨资出逃。秦始皇知道后大怒，故而迁怒于方士，下令在京城搜查审讯，抓获460人并全部活埋。

始皇帝三十七年（前210年），秦始皇死于他第五次东巡途中的沙丘宫（今邢台广宗）。