说到蚩尤想必大家都是知道的，那就是话说他被称为是魔神，而我们又是称为炎黄子孙的，所以这应该是势不两立的一个情况了，但是在汉朝之前好像古人都是有祭拜蚩尤的，那么有的网友要问了，这到底是为什么呢？
理清蚩尤与炎黄祭祀之误解
自殷商周开始有文字记载，也就成为可考证的祭祀历史，夏朝时候依然采用结绳记事，所以无法印证。周朝沿用殷商制度，虽然有所改变，但变化不大，而且记述详细，为历朝历代研究祭祀的主要参考。
蚩尤祭祀与黄帝祭祀最初是并存的，但并非是以祖先祭祀为目的。商周期间的祭祀分为祭天地，祭山川，祭祖先三种。在祭祀天地的时候，有人皇和诸神作为配祀。天为昊天上帝，人皇为四位，昊天居中。诸神中，黄帝时期，蚩尤就是战神，属于原始宗教中极为重要的一位神祗。商周时期，国有两件大事，一是祭祀，二是讨伐。从这些解释中，大家可以知道，黄帝与蚩尤一同祭祀是因为都是天之子或者是神祗，用来宣传君权神授，而不是如题主所言的祖先祭祀。同时存在的祭祀祖先，蚩尤的后裔为邹姓以及屠姓，在山东定居，这两个姓氏是把蚩尤作为祖先祭祀。
周朝灭亡后，秦始皇泰山封禅，祭祀八神，其中就有蚩尤作为兵主而祭祀【封禅 也是天子专属，属于祭祀天地】。汉朝刘邦封禅泰山，开始出现黑帝，凑足了五帝，黄帝此时开始居中【刘邦为赤帝子，斩白帝】。此时的黄帝与蚩尤共同祭祀还是属于祭天地的仪式。【注：刘邦祭祀蚩尤，并非祭祖，而是仿效周王朝起兵祭神】
汉武帝成为中国历史上第一位单独祭祀黄帝陵的皇帝，后世都以为其是在祭祖。这个属于后世的以讹传讹，刘邦作为其先祖，自称为赤帝子，并且成为五帝中的黑帝。从逻辑上看，刘彻不会去祭祀黄帝陵墓，应该去祭祀炎帝才对。了解汉武帝的生平，就会发现，他痴迷与长生之道不让秦始皇。此时的方士开始流传一个传说，黄帝死后，骑龙上天。汉武帝祭祀黄帝陵，实际是对一个神祗的单独祭祀。
汉武帝时期，罢黜百家独尊儒术，儒学开始融合道家特别是当时占据统治地位的黄老学说的思想构建思想体系，董仲舒完成了这个任务。【黄老学说，始于战国齐国，田氏代姜齐后，为了确定自己的合法地位，将自己作为黄帝的后裔，利用邹衍的五德终始说，形成的以道家为主的思想流派】。
汉武帝以后的历朝历代，也是把黄帝作为祭祀天帝的配祀来祭祀，并非作为祖先祭祀。
从元朝开始，伏羲、神农以及黄帝作为祖先祭祀开始。明清祭祀开始沿用，清朝祭祀黄帝最为频繁，达到了26次。
对于蚩尤，苗族一直把其作为祖先祭祀，一直到今天。
还有一件很有意思的事情，在黄帝不断提升地位的期间，蚩尤是盘古的子孙的传说，逐渐被解读成蚩尤的祖先是帝辛的一只神犬。这中间的问题恐怕要有当时儒家和道教来解释了。
